１０月２６日のドラフト会議における２位指名以降のウエーバー指名順が、会議前日の同２５日終了時点での順位を反映することになった。

　例年、ドラフト会議はレギュラーシーズン終了後に開かれ、ウエーバー順は確定した順位が反映されていた。ただ、今年は公式戦中の開催。１１月上旬まで試合が続き、会議の時点で最終順位が決まっていない可能性が高く、日本野球機構（ＮＰＢ）の井原事務局長は「新型コロナウイルスにより日程が変則となり、そういったことになった」と話した。

　優先指名権については、昨年からセ・リーグとパ・リーグの間で交互に与えられることになっている。今年の２位指名はパの６位から。３位指名はセの１位から行われる。

　また、来季の開幕権は今季に権利を持っていた球団が持ち越すこととなった。来季の開幕権を有する球団はセが広島、ヤクルト、巨人、パが西武、ソフトバンク、楽天となる。